JAX®小鼠模型搜索指南

By 阮菊新 博士

杰克森实验室小鼠资源库(JAX® mice repository)目前保有超过11,000多个独特的小鼠品系,其中大部分品系来自于全球各地的研究者的捐赠,我们的小鼠品系数量还在逐年增长中。那么如何高效的在这11,000多个小鼠品系中找到我们需要的小鼠模型呢?今天我就为大家介绍几个快速简便的方法进行小鼠模型的查找。

首先,让我们从JAX®小鼠搜索引擎 (JAX® Mice Search)开始吧!

1. Search by Stock #

当您已经知道了JAX小鼠的6位数品系货号,那么您就可以直接点击“Search by Stock #”功能,输入您需要查询的品系货号(图1),回车之后页面将自动跳转到货号对应的小鼠品系详情页面。

图1 按品系货号搜索

2. Keyword Search

JAX小鼠搜索引擎的“Keyword Search”功能,搜索范围涵盖了从小鼠名称到小鼠品系详情中的所有文本,因此,您输入的关键词越详细,返回的结果也越准确。下面我将介绍通过不同类型的关键词进行品系搜索。

1)当您知道小鼠品系名,但不知道货号的时候

比如我们需要用到阿尔兹海默症相关的小鼠模型3xTg-AD,其品系标准命名为B6;129-Tg(APPSwe,tauP301L)1Lfa Psen1tm1Mpm/Mmjax(点击小鼠品系标准命名,了解如何正确命名您的小鼠模型),我们可以输入其品系简称“3xTg-AD” ,也可以使用品系标准命名“B6;129-Tg(APPSwe,tauP301L)1Lfa Psen1tm1Mpm/Mmjax”进行查找。由于每个小鼠品系都有唯一对应的品系标准命名,因此使用品系标准命名搜索到的结果会比使用简称搜索更为精确(比较图2和图3)。当结果返回后,您就可以点击相应的小鼠品系名进入品系详情页面了。

图2 使用品系标准命名搜索

图3 使用品系简称搜索

2)按疾病领域查找

JAX的小鼠搜索可以覆盖小鼠品系详情的所有文本,因此您也可以使用疾病名称或者表型进行小鼠模型的查找。以狼疮(Lupus)模型为例,在“Keyword Search”搜索框中输入“lupus”,返回了96个品系结果。我们可以在搜索框中继续输入关键词以缩小范围,也可以从搜索框的左下角“REFINE BY”部分通过Featured searches, Products, Stock Type, Generation Method和 Attribute等分类进一步限定模型范围(图4)。

图4 通过疾病或表型查找

Tips: 当输入的关键词中存在空格时,系统会默认为是两个关键词,因此可以将希望组合在一起的关键词置于英文输入法下的双引号“”中,如搜索 lung cancer 与 “lung cancer”的返回结果,在品系数量上相差非常大(图5)。

图5 独立关键词与词组查找的结果比较

3)按基因名查找

当我们需要查找和某个基因相关的小鼠模型时,我们可以在搜索框中输入该基因名。以瘦素受体Lepr(Leptin receptor)基因为例,在关键词搜索中输入Lepr,返回71条与Lepr相关的小鼠品系信息,同样的,您可以通过“REFINE BY”下的项目限定搜索范围(图6)。

图6 使用基因名搜索

Tips: JAX小鼠搜索具有联想功能,当您在输入关键词的时候,如系统中存在相关信息,会出现一个下拉菜单,您可以在其中寻找是否有符合您搜索要求的信息(图7),如果没有符合要求的选项或者您不想缩小搜索范围,那么当您输入完所需的关键词后,按下回车键,就会返回您当前输入的关键词搜索结果。

图7 JAX小鼠搜索关键词联想功能

如果您使用以上搜索方法还是找不到您需要的小鼠模型,或者结果太多,难以筛选,那么您可以尝试使用小鼠基因组信息学数据库(MGI: Mouse Genome Informatics)进行查找。

使用MGI查找小鼠模型时,最简单的是从基因名开始搜索。我们以Prkdc (protein kinase, DNA activated, catalytic polypeptide)基因相关的小鼠模型为例进行演示。

Step 1

在MGI主页的搜索框中输入基因名Prkdc,回车后返回一系列与Prkdc基因或其等位基因相关的模型资源。在列出的信息中,“Symbol”下方列出的基因名或等位基因名为目前使用的标准基因命名,可以链接到相关的基因信息页面,“Best Match”中列出了基因的其他简称、曾用名、或者与之匹配的人类中的命名等等(图8)。

图8 从MGI网站搜索基因信息

Step 2

点击您感兴趣的基因名或等位基因名,进入详情页面。当我们需要查找相关小鼠模型的时候,可以在“Mutations, Alleles, and Phenotypes”部分找到“Find Mice (IMSR)”(IMSR: International Mouse Strain Resource,国际小鼠品系资源库,是一个可搜索的在线小鼠资源数据库,包含了全球不同资源库可提供给研究人员使用的小鼠品系或ES细胞系),这里显示了针对该基因,目前全球的主要小鼠资源库中收入有129个小鼠品系或ES细胞系(图9)。

图9 MGI基因详情信息

Step 3

点击Find Mice后方的链接,进入国际小鼠品系资源库网站(IMSR)。当我们点击“Provider”按钮后,就能看到目前可以提供Prkdc基因或相关等位基因小鼠模型的资源库列表,我们可以通过筛选资源库缩小查找范围。除了“Provider”以外,还可以从“state”(保种状态),“Type”(模型类型)和“Mutation”(构建方法)等进行筛选(图10),最后点击相应的小鼠品系,即可链接到小鼠品系详情页面。

图10 IMSR中筛选小鼠模型

在MGI中按照以上基因名搜索的方法进行品系查找的优势在于最后IMSR中返回的小鼠品系名中均携带我们所查询的基因名,而不会和JAX小鼠搜索引擎中那样,基因名可能出现在品系详情的描述文本中而非品系名中,因此当您已确定了所需的基因名或等位基因名后,通过MGI和IMSR获得的品系搜索匹配度会更高。

如果以上资源和方法都无法满足您的搜索需求,那么您可以将您的模型需求发送到 micetech@jax.org ,我们的技术服务部门会为您提供帮助(Tips: 在来信中注明您的姓名和单位将有助于您的邮件尽早转到我们的技术信息服务部门哦)。