C3H/HeJ 小鼠作为一种常规品系广泛用于多种研究领域，包括癌症、免疫性炎症、感觉神经和心血管生物学研究。C3H/HeJ 小鼠和杰克森实验室提供的其他亚系均为视网膜变性 1 基因 (Pde6b^rd1) 突变的纯合小鼠，该突变会造成小鼠在离乳期失明，但不含 Gpr179 的 nob5 等位基因 (Chang, 2015)。C3H/HeJ 小鼠常见腹部白斑，表型范围从少许白毛至明显白斑不等。同时，C3H 小鼠的肝癌发病率也较高（有报告称，14 月龄雄性、未经交配的雌性和繁育期雌性小鼠的发病率分别为 72-91%、59% 和 30-38%）。尽管无外源性小鼠乳腺肿瘤病毒 (exogenous mouse mammary tumor virus, MMTV)，但未经交配的雌性和繁育期雌鼠年长后仍有可能出现乳腺肿瘤。与几种高度易感品系小鼠不同（如 C57BL/6J，品系货号 000664；C57L/J，品系货号 000668；C57BR/cdJ，品系货号 000667 和 SM/J，品系货号 000687），C3H/HeJ 小鼠喂食致动脉硬化饲料（1.25% 胆固醇、0.5% 胆酸和 15% 脂肪）后未出现动脉粥样硬化主动脉病变。C3H/HeJ 小鼠会自发出现斑秃 (alopecia areata, AA)，到 5 月龄时报告的发病率约 0.25%。 据报道，老龄小鼠（12-18 月龄）中斑秃的发病率可接近 20%。雌鼠在 3-5 月龄时就有可能出现 AA，而雄鼠发病时间通常延至 6 月龄之后。斑秃可通过手术诱导形成，方法是从患有 AA 的老年供体动物取小片皮肤移植到同背景C3H/HeJ 受体年轻动物上。

C3H/HeJ 品系的脂多糖应答位点发生自发突变（后续鉴定为 toll 样受体 4 基因突变，Tlr4^Lps-d），使 C3H/HeJ 小鼠对内毒素具有更高的耐受性。C3H/HeJ 小鼠 (Tlr4^Lps-d) 对革兰氏阴性菌（如肠沙门氏菌）高度易感。感染沙门氏菌的小鼠表现为趋化因子产生延迟，一氧化氮生成障碍以及细胞免疫应答减弱。 感染小鼠的死亡原因可能是因为 Kupffer 细胞网状结构被大量增殖的细菌所破坏 (Vazquez-Torres et al., 2004)。C3H/HeJ 亚系是 6 号染色体反转倒位的纯合小鼠（符号：In(6)1J）。6 号染色体上 D6Mit124（约 30.3 cM）和 D6Mit150（约 51.0 cM）之间有 20% 的长度发生反转倒位，但未报告表型。筛选其他 C3H 亚系和 C3H/HeJ 冷冻保存品系的结果表明，该突变的发生时间在 1952 年以后。C3H/HeJ 品系存在棘波放电 1(Gria4^spkw1) 自发突变，而 C3HeB/FeJ 品系不存在这种突变。此突变的纯合小鼠有中等失神癫痫发病率。此品系也是 Pcnx2 亚等位基因纯合小鼠，该等位基因通过 IAP 插入获得，降低了 Gria4^spkw1 所致失神癫痫发作表型的严重程度 (Frankel et al., 2014)。